ATtrimaculatusADNRecensement des espèces par l’ADN environnemental
Par rapport à la méthode visuelle, la recherche de l’ADN environnemental a permis de découvrir 16% de taxons supplémentaires de poissons vivant sur les récifs coralliens.

Cette méthode permet de trouver les traces génétiques laissées par toutes les espèces présentes dans l’environnement d’un prélèvement. La comparaison du résultat des échantillons avec une banque de données permet, aux chercheurs, d’identifier les espèces présentes. Cette méthode permet donc de détecter la présence d’espèces rares ou visuellement d’apparences sinon identiques tout au moins très proches.

Les chercheurs de l’université de Montpellier et de l’école polytechnique de Zurich, avec la participation du gouvernement monégasque, ont choisi cette méthode pour étudier la population de poissons récifaux de 5 régions marines tropicales en prélevant 226 échantillons sur 100 stations. 2650 taxons ont été identifiés soit 16% de plus qu’en observation visuelle.

On y découvre, entre autres, que le triangle de corail (Papouasie-Nouvelle-Guinée/Bornéo/Philippines) accueille 5 fois plus d’espèces que les Caraïbes.

Cette étude, dont le résumé est reproduit ci-dessous, est parue (en anglais) dans la revue scientifique « Proceedings of the Royal Society » d’avril 2022.


Résumé

La vitesse et l'ampleur croissantes des changements mondiaux menacent la biodiversité mondiale et en particulier les poissons des récifs coralliens.
Une meilleure compréhension des schémas et processus à grande échelle sur les récifs coralliens est essentielle pour prévenir le déclin de la biodiversité des poissons, mais elle nécessite de nouvelles approches de surveillance.
Ici, nous utilisons le métabarcodage environnemental de l'ADN pour reconstruire des modèles bien connus de biodiversité des poissons sur les récifs coralliens et découvrir des modèles cachés sur ces écosystèmes très diversifiés et menacés.

Nous avons analysé 226 échantillons d'eau de mer d'ADN environnemental (eDNA) provenant de 100 stations dans cinq régions tropicales (Caraïbes, Pacifique central et sud-ouest, Triangle de corail et océan Indien occidental) et les avons comparés à 2047 recensements visuels sous-marins du Reef Life Survey dans 1224 stations.
L'ADN environnemental révèle une biodiversité piscicole plus élevée (16%), avec 2650 taxons, et 25 % de familles en plus que les relevés visuels sous-marins.
En identifiant davantage d'espèces pélagiques, associées aux récifs et crypto-benthiques, eDNA offre une nouvelle vision des règles d'assemblage à travers les échelles spatiales.
Néanmoins, l'enquête sur la vie des récifs a identifié plus d'espèces que l'ADNe dans 47 familles partagées, ce qui peut être dû à une attribution de séquence incomplète, éventuellement combinée à une détection incomplète dans l'environnement, pour certaines espèces.
La combinaison du métabarcodage eDNA et d'un recensement visuel approfondi offre de nouvelles perspectives sur l'organisation spatiale des écosystèmes marins les plus riches.